Talousneuvos Juho Vainio toimi itsenäisyytemme alkuajoista 1950 -luvulle saakka yhtenä merkittävänä rakentajana ja liikemiehenä, jotka rakensivat kovaa vauhtia kasvavaan Helsinkiin kivitaloja asukkaiden ja liike-elämän tarpeisiin. Hän oli monissa asioissa aikaansa edellä, osittain omista kokemuksistaan johtuen. Vainion oma sairastelu ja siitä toipuminen – siihen aikaan poikkeuksellisesti – kasvisravinnon avulla ajoivat häntä kohti terveellisempien elintapojen korostamista.
Juho Vainio perusti kansanterveyden ja terveiden elintapojen edistämiseksi sekä nuorten koulutusmahdollisuuksien lisäämiseksi nimeään kantavan säätiön lokakuussa 1960 täytettyään 80 vuotta. Testamentissaan hän määräsi kaiken omaisuutensa kuolemansa jälkeen luovutettavaksi säätiön haltuun. Säätiön varallisuuden kivijalan muodostavatkin sen Helsingin keskustassa omistamat kiinteistöt.
Tänä päivänä Juho Vainion Säätiö on Suomen suurin kansanterveyden tutkimusta tukeva säätiö, jonka toiminta tunnetaan laajasti sekä tutkijayhteisössä että yhä enemmän myös sen ulkopuolella.
Juho Vainion Säätiön sekä muiden kansanterveyttä tukevien säätiöiden ja kansanterveysjärjestöjen työllä on ollut tärkeä merkitys suomalaisten terveydelle. Olemme tänään yksi maailman pitkäikäisimmistä kansoista, mikä on huima saavutus verrattuna Juho Vainion elinaikana vallinneisiin oloihin. Sydän- ja verisuonten sekä muun muassa syövän aiheuttamat terveyshaitat ovat jatkuvasti vähentyneet ja ihmisten itsensä kokema terveys on kohentunut. Tätä työtä säätiö jatkaa perustajansa tarkoituksen mukaisesti.
Vuonna 2018 säätiö jakoi varoja säätiön säännöissä määriteltyihin tarkoituksiin yhteensä 1 500 000 euroa.